Primera parte

La historia de Naruto va aumentando en complejidad, adentrándose en situaciones más maduras al avanzar la trama. En la primera parte de Naruto, el argumento se limita a plantear un poco cómo es el mundo en que se desarrolla la acción, y los temas y las situaciones son simples.

Naruto, un aprendiz de ninja de la Aldea Oculta de Konoha es un chico travieso que desea llegar a ser el Hokage de la aldea para demostrar a todos lo que vale. Lo que descubre al inicio de la historia es que la gente le mira con desconfianza porque en su interior está encerrado el demonio Kyūbi que una vez destruyó la aldea, y que el anterior líder de la misma tuvo que encerrar en su cuerpo siendo aún muy pequeño, a coste de su vida. Aunque sus compañeros no saben esto, tampoco le aprecian porque es mal estudiante y siempre está haciendo bromas. Sin embargo, la forma de actuar y la determinación de Naruto demuestran a los demás que puede llegar muy lejos, y el recelo de los otros chicos se va disipando. Naruto y sus compañeros Sakura y Sasuke, junto a su maestro Kakashi tendrán que enfrentarse a una serie de combates y misiones a lo largo de la historia que les permitirán mejorar y crecer. Naruto se verá enfrentado a sus principales enemigos Akatsuki, Itachi y Kisame.

Segunda parte

En la segunda temporada de la historia, denominada en el anime Naruto: Shippūden los personajes son tres años mayores y actúan acorde a esto. Las situaciones revelan una trama mucho más elaborada que no se había entrevisto en la primera parte.

Entre ambas partes han pasado tres años en los que cada uno de los personajes de la anterior etapa ha estado entrenando por el camino elegido: Naruto ha estado con Jiraiya el ermitaño, que le enseña a controlar el chakra de Kyūbi para usarlo a su favor, Sakura con Tsunade, Hokage de la aldea, estudiando medicina, y Sasuke con el renegado Orochimaru gracias al cual quiere ganar la fuerza suficiente para derrotar a su hermano mayor Itachi, que asesinó a todos los demás de su clan. A la vez entran en escena los miembros de la misteriosa Organización Akatsuki que desea capturar para fines revelados sólo muy avanzada la historia a todos los Bijū, monstruos muy poderosos, uno de los cuales es el que está encerrado en Naruto.

Relleno y Gaiden

En el manga la separación entre ambas partes es una saga de cinco capítulos llamada Kakashi Gaiden (un gaiden es una historia que sirve de trasfondo) que cuenta unos sucesos vividos por uno de los personajes en su juventud, y que no ha sido trasladada a la pantalla de momento. En el anime, dado que la historia avanzaba más deprisa que el manga (del orden de dos capítulos de manga por cada uno de anime), se lanzaron una serie de sagas de relleno para dar tiempo a que éste revelara una cierta cantidad de lo que estaba por pasar. Este relleno se prolongó durante un número de capítulos similar a los ocupados por la primera parte, del orden de 80. La continua prolongación de esta etapa, retrasando la llegada de la segunda parte del manga a la versión animada provocó que el anuncio de su fin fuera una noticia de importancia para los que seguían la historia dentro y fuera de Japón.